Index

A

analyse() (in module pimkl.cli.analyse) apply() (pimkl.utils.preprocessing.scaler.Scaler method) (pimkl.utils.preprocessing.standardizer.Standardizer method)

assert_valid_names() (in module pimkl.cli.preprocess)

E

enforce_pandas_dataframe_on_second_argument() (in module pimkl.utils.preprocessing.core)

F

filter_interaction_table_by_labels() (in module pimkl.network) fit() (pimkl.factories.mkl_factory.WeightedAverageMKL method) (pimkl.models.pimkl.PIMKL method)

fold_generator() (in module pimkl.run) force_undirected_coo_matrix_input() (in module pimkl.network)

G

generate_random_sets() (in module pimkl.network) get_fantom5_network() (in module pimkl.network) get_laplacian() (pimkl.network.Network method) get_learning_data() (in module pimkl.data) get_learning_data_in_dict_mode() (in module pimkl.data) get_learning_data_in_dict_mode_fraction() (in module pimkl.data) get_learning_data_indices_fraction() (in module pimkl.data) get_matching_data_and_network() (in module pimkl.inducers)

get_network_from_csv() (in module pimkl.network) get_network_from_pandas_interactions_list() (in module pimkl.network) get_params() (pimkl.models.pimkl.PIMKL method) get_pathway_inducer() (in module pimkl.inducers) get_pathway_selector() (in module pimkl.inducers) get_random_scale_free_interaction_df() (in module pimkl.network) get_string_network() (in module pimkl.network) get_sub_network() (pimkl.network.Network method) get_unique_rows() (in module pimkl.network)

I

invalid_name() (in module pimkl.cli.preprocess) is_sequence() (in module pimkl.utils.objects)

is_sequence_of_sequence() (in module pimkl.utils.objects) is_symmetric() (in module pimkl.network)

K

kpca() (in module pimkl.cli.analyse)

L

labels_to_one_hot_code() (in module pimkl.utils.preprocessing.core)

labels_to_one_hot_code_using_dict() (in module pimkl.utils.preprocessing.core)

M

module pimkl pimkl.analysis pimkl.cli, [1] pimkl.cli.analyse pimkl.cli.cli pimkl.cli.preprocess pimkl.data pimkl.evaluation pimkl.factories pimkl.factories.estimator_factory pimkl.factories.induction_factory pimkl.factories.mkl_factory pimkl.inducers pimkl.models pimkl.models.pimkl pimkl.network pimkl.pimkl pimkl.run pimkl.utils pimkl.utils.objects pimkl.utils.preprocessing pimkl.utils.preprocessing.core pimkl.utils.preprocessing.scaler pimkl.utils.preprocessing.standardizer

N

Network (class in pimkl.network)

P

parameters (pimkl.utils.preprocessing.standardizer.Standardizer attribute) performances() (in module pimkl.evaluation) pimkl module PIMKL (class in pimkl.models.pimkl) pimkl.analysis module pimkl.cli module, [1] pimkl.cli.analyse module pimkl.cli.cli module pimkl.cli.preprocess module pimkl.data module pimkl.evaluation module pimkl.factories module pimkl.factories.estimator_factory module pimkl.factories.induction_factory module pimkl.factories.mkl_factory module pimkl.inducers module

pimkl.models module pimkl.models.pimkl module pimkl.network module pimkl.pimkl module pimkl.run module pimkl.utils module pimkl.utils.objects module pimkl.utils.preprocessing module pimkl.utils.preprocessing.core module pimkl.utils.preprocessing.scaler module pimkl.utils.preprocessing.standardizer module plot_aucs_to_buffer() (in module pimkl.analysis) plot_weights_significant_correlations_to_buffer() (in module pimkl.analysis) plot_weights_to_buffer() (in module pimkl.analysis) predict() (pimkl.models.pimkl.PIMKL method) predict_proba() (pimkl.models.pimkl.PIMKL method) preprocess_data_and_inducers() (in module pimkl.cli.preprocess)

R

read_data() (in module pimkl.cli.preprocess) read_gmt() (in module pimkl.inducers) read_gmt_from_file_pointer() (in module pimkl.inducers) read_inducer() (in module pimkl.inducers) read_preprocessed() (in module pimkl.cli.analyse) reader() (in module pimkl.cli.preprocess)

reapply() (pimkl.utils.preprocessing.scaler.Scaler method) (pimkl.utils.preprocessing.standardizer.Standardizer method) roc_analysis() (in module pimkl.evaluation) roc_multiclass() (in module pimkl.evaluation) roc_two_classes() (in module pimkl.evaluation) run_model() (in module pimkl.run)

S

scale() (in module pimkl.network) Scaler (class in pimkl.utils.preprocessing.scaler) scales (pimkl.utils.preprocessing.scaler.Scaler attribute) selected_set_to_weighted_adjacency() (in module pimkl.network) sensitivity() (in module pimkl.evaluation) set_estimator_params() (pimkl.models.pimkl.PIMKL method)

set_mkl_params() (pimkl.models.pimkl.PIMKL method) set_params() (pimkl.models.pimkl.PIMKL method) significant_correlations() (in module pimkl.analysis) significant_pathways() (in module pimkl.analysis) specificity() (in module pimkl.evaluation) Standardizer (class in pimkl.utils.preprocessing.standardizer)

U

unapply() (pimkl.utils.preprocessing.scaler.Scaler method) (pimkl.utils.preprocessing.standardizer.Standardizer method)

W

WeightedAverageMKL (class in pimkl.factories.mkl_factory) write_inducer() (in module pimkl.inducers)

write_inducers() (in module pimkl.inducers) write_preprocessed() (in module pimkl.inducers)